營養袋是為土中的羊肚菌菌絲提供碳源、氮源等營養物質的載體，也被稱為“外援營養袋”。營養袋的應用是羊肚菌試驗產業化栽培的關鍵，對于羊肚菌的產量至關重要。由于羊肚菌的營養袋在滅菌后需要打孔或劃口，緊貼土面放置于地表，以使得羊肚菌從土中長入袋內，分解利用袋內的培養料，因此雜菌也可乘機侵入袋內、占領料面、形成競爭局面。

要預防營養袋污染雜菌，需做好以下幾點：

1. 對營養袋內的原料徹底滅菌。培養料中的麥粒、木屑需要提前24h浸泡，使原料徹底泡透，麥粒無白芯。培養料內需要加入1%的石灰，以調節pH約在8左右。裝袋時選用薄厚適合的塑料袋。防止由于木屑刺破塑料袋或摩擦產生微孔。裝袋后的營養袋及時滅菌，100℃保持8h左右。搬運營養袋注意輕拿輕放，以免造成塑料袋破損。

2. 使用時，營養袋需要使開口部位貼緊土壤表面。可使用壁紙刀或粗釘板在營養袋的一個面劃口或扎孔，然后將營養袋開口或扎孔的這個面水平放在土面上。放營養袋時注意需要用一定力度，以促使開口處與土壤緊密貼合，以便羊肚菌菌絲快速生長到袋內的培養料中。

3. 控制發菌溫度。羊肚菌屬低溫真菌。溫度較低時，相對雜菌生長處于優勢地位。因此，放置營養袋后，要在棚前部掛一層6針遮陽網，同時也可在畦面覆蓋一層黑色地膜，防止陽光直射到營養袋表面。控制棚內溫度在5-22℃。

4. 加強巡查。一旦營養袋發生雜菌，根據污染程度采取相應的措施。對于羊肚菌已部分或完全吃透培養料，而僅僅少部分被污染的營養袋，可不做處理，繼續觀察。對于全部被雜菌污染，尤其是雜菌已從營養袋內向土壤中蔓延生長的營養袋，及時挑揀出，并在原營養袋擺放的土表撒少量生石灰，以防止雜菌蔓延。