食用菌耳芽亂長的多種原因都能夠出現這種情況：
1、菌種呈現中早熟化；
2、菌袋在培養室內靠近門窗、燈等容易有散照光地位置，光早熟；
3、催芽期間，這樣的菌袋晾在外面的時間較長，開口時間較晚。
綜上因素，還有菌袋開口后，刀口濕度不穩定，呈現幾日風干， 刀口的木耳原基形成時間延后了，而菌袋表面受到的光濕穩定，菌袋有一定程度的袋料分離，菌絲受光照刺激開始由營養生長向生殖生長轉化，形成了菌袋表面密集地生長木耳芽，而菌袋開口處也有耳芽的混亂情況，這種情況不影響木耳生長也產量。這也說明，我們培養菌袋要求培養室遮光培養，催芽時要加遮蔭物的必要性。
